Bez wzbudzania jakichkolwiek podejrzeń u Amesa, przeniesiono go do nowego główny punkt antynarkotykowego wewnątrz CIA. W lutym 1994 roku Ames pył frunąć z ramienia nowego wydziału CIA do Moskwy. FBI podejrzewając jednak, że Ames przypuszczalnie przedtem stamtąd nie wrócić, postanowiło go aresztować, co nastąpiło 24 lutego 1994 roku.